Ofrece un servicio especializado en el estudio de la calidad ambiental de los ecosistemas marinos y costeros, para lo que dispone de especialistas experimentados que utilizan metodologías analíticas normalizadas a fin de satisfacer las exigencias y regulaciones normativas de los estudios ambientales o de otros servicios específicos que se requieran. La división cuenta con un laboratorio de ensayos adscrito, donde se realizan ensayos químicos, físicos, ecotoxicológicos y microbiológicos en aguas, sedimentos y biota marina, el cual funciona bajo un Sistema de Gestión de la Calidad según la Norma Cubana NC-ISO/IEC 17025:2006.

Como función específica: Proyectos de Políticas y Estrategias Ambientales; incluye el análisis de los principales problemas ambientales de acuerdo a la Ley 81 de Medio Ambiente y otras regulaciones ambientales vigentes en el país. Proyectos de Diagnóstico Ambiental y Sistemas de Gestión Ambiental; incluye la evaluación del desempeño ambiental en el sector empresarial. Proyectos de Evaluación de Impacto Ambiental (EIA); identificar, evaluar, predecir y prevenir cualquier alteración estructural o funcional en los componentes naturales y/o socio-económicos del ambiente considerado generado por un proyecto o actividad (industria, turismo, viales, minería, soluciones ambientales, drenajes y alcantarillados) Proyectos de Solicitud de Licencias Ambientales; incluye la descripción del proyecto, la caracterización del medio natural y socioeconómico, consumo de agua y energía, generación de desechos, identificación y análisis de impactos ambientales, medidas de mitigación, planes de riesgo y contingencias. Proyectos de Planes de Contingencia contra Derrames de Hidrocarburos; incluye la elaboración de un Plan de Contingencia con la participación de todas las entidades portuarias involucradas y los costos asociados.